生殖器疱疹久治不愈，反复发作成为当前临床治疗最棘手的问题，为什么生殖器疱疹治疗这么复杂呢?据专家统计分析：首先医源性因素占据主导因素，其次是疾病特点和患者因素。

　　1.不规范治疗，抗生素滥用，病毒复制变异。疱疹病毒本身就很难杀灭，而传统治疗只在早期有一定效果。但不规范治疗加剧了病毒耐药性，给病毒在体内的依附和复制提供可趁之机，药物对病毒的杀灭作用远比不上病毒复制，使得病毒不断复制变异、种群多样化和复杂化。同时抗生素滥用影响机体的免疫机能，制约和影响着疾病的治疗过程，使得病情反复难愈。

　　2.疱疹病毒特殊附着性，传统治疗很难解除。生殖器疱疹的致病病毒(Ⅱ型单纯疱疹病毒)潜伏于神经节内，麻痹机体免疫调节机能，在机体各项免疫机能正常时时蛰伏待机，当机体调节机能紊乱、免疫功能低下时，病毒迅速激活，危害组织器官，在治疗上药物很难从神经节内清理病毒，治疗的同时对自身的损伤也较大。

　　3.疱疹病毒极具伪装性，诱导机体防御功能。药效的发挥先要使得药物的有效成分进入血液，再随血液循环进入到组织细胞液中。再根据病毒的特征进行识辨并与其结合杀灭吞噬。临床表明病毒变异后可进行伪装，让机体无法识别，或释放假信号避免药物和免疫系统的杀灭，即使治疗也可能是暂时性的一种假象，很容易再次复发。

　　4.生殖器疱疹发病多有合并症，临床治疗中易被忽视。生殖器疱疹往往不是单独发病，一般都是在其它炎症或隐性感染后发病。而在实际治疗中大多被忽视，这样给复发和病毒转移提供了条件。同时治疗药物的相左，药物间将相互反应，对药效发挥将起到负面作用，利于病毒的繁殖，治疗更加麻烦，传统治疗也更加局限。

　　5.日常中护理不当导致自身接种感染或再次感染。少数康复患者体内神经细胞节内残余有病毒变异珠，当生病、劳累等免疫力低下时，潜伏的病毒重新复活繁殖，沿神经轴返回皮肤黏膜引起新的疱疹。也有一部分患者因不注意卫生，没有对沾有病菌的衣裤、日用品及时消毒处理而被再次传染。